USE OF MOLECULAR METHODS FOR IDENTIFYING CULTURE OF SOIL FUNGI FROM TROPICAL FORESTS OF VIETNAM
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
SỬ DỤNG PHƯƠNG PHÁP SINH HỌC PHÂN TỬ TRONG ĐỊNH LOẠI CÁC CHỦNG NẤM ĐẤT CỦA RỪNG NHIỆT ĐỚI VIỆT NAM
Vi nấm đất luôn hiện diện trong tất cả các quần xã sinh vật và là một trong những thành phần cơ bản của lưới thức ăn mùn bã, góp phần vào chu trình dinh dưỡng. Chúng đóng vai trò quan trọng trong việc phân hủy các chất hữu cơ trong các quá trình hình thành đất và các quần xã thực vật. Hiện chưa có thông tin về thành phần loài vi nấm đất trong nhiều vùng khác nhau do có sự khó khăn trong nghiên cứu đa dạng loài của của chúng - không thể quan sát chúng trong tự nhiên, mà chỉ có thể phân lập bằng môi trường nhân tạo. Việc định loại vi nấm được tiến hành dựa trên các đặc điểm hình thái của chúng kết hợp với sự hình thành bào tử. Tuy nhiên, không phải tất cả các loài có thể hình thành bào tử trong môi trường nuôi cấy, vì thế không thể định loại hết được bằng các phương pháp truyền thống. Việc phát triển các kỹ thuật sinh học phân tử trong ngành nấm học có thể giúp giải quyết vấn đề này. Bài báo đề cập đến việc nghiên cứu nấm đất trong rừng nhiệt đới Việt Nam. Từ kết quả nghiên cứu, đã ghi nhận được 1.149 chủng, trong đó có 252 chủng không có khả năng hình thành bào tử (chủng vô sinh). Các trình tự của gen rDNAITS 1 - ITS 2 đã được xác định bằng phương pháp phân tử đối với 184 chủng trong số 1.149 chủng thu thập được và chỉ có 65 chủng từ 184 chủng nêu trên được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu của GenBank, trong đó 42 chủng được định loại tới loài, 23 chủng được định loại tới chi. Đã bổ sung 30 loài vi nấm cho khu hệ vi nấm đất Việt Nam, đưa tổng số loài hiện tại của khu hệ vi nấm đất Việt Nam lên 379 loài thuộc 117 chi.
Từ khóa
Vi nấm đất, rừng nhiệt đới, vùng đệm được sao mã, ITS, microscopic soil fungi, tropical forests, internal transcribed spacer
Chi tiết bài viết
Tài liệu tham khảo
2. Lodge D.J., Nutrient cycling by fungi in wet tropical forests, in Aspects of tropical mycology (Isaac S., Frankland J.C., Walting R. and Whalley A.J.S., eds), Cambridge, British Mycological Society, 1993, p.37-57.
3. Hawksworth D.L., Why Study Tropical Fungi? in Tropical Mycology. Vol. 2. Micromycetes (Watling R., Frankland J.C., Ainsworth A.M., Isaac S. and Robinson C.H., eds), New York: CABI Publishing, 2002, p.1-11.
4. Mueller G.M., Schmit J.P., Fungal biodiversity: what do we know? What can we predict, Biodiversity and Consevation, 2007, 16:1-5.
5. Hyde K. D., Bussaban B., Paulus B., Crous P. W., Lee S., McKenzie E. C., Photita W. and Lumyong S., Diversity of saprobic microfungi, Biodiversity and Conservation, 2007, 16:7-35.
6. Evans E.G.V. and Ashbee H.R., Tropical mycoses: hazards to travellers in Tropical Mycology. Vol. 2. Micromycetes (Watling R., Frankland J.C., Ainsworth A.M., Isaac S. and Robinson C.H., eds), New York: CABI Publishing, 2002, p.145-163.
7. Bills G.F., Dombrowski A., Peláez F., Polishook J. D. and Zhiqiang An., Recent and Future Discoveries of Pharmacologically Active Metabolites from Tropical Fungi in Tropical Mycology. Vol. 2. Micromycetes (Watling R., Frankland J.C., Ainsworth A.M., Isaac S. and Robinson C.H., eds), New York: CABI Publishing, 2002, p.165-194.
8. Hibbett D.S., Ohman A., Glotzer D., Nuhn M., Kirk P. and Nilsson R.H., Progress in molecular and morphological taxon discovery in fungi and options for formal classification of environmental sequences, Fungal Biology Reviews, 2011, 25:38-47.
9. Seifert K.A. Progress towards DNA barcoding of fungi, Molecular Ecology Resources, 2009, 9(1):83-89, http://dx.doi.org/10.1111/j.1755 0998.2009.02635.x.
10. Alexandrova A.V., Sidorova I.I., Tiunov A.V., Microfungi of soil and litter of the National Park Cat Tien (South Vietnam), Mikologiya i fitopatologiya, 2011, 45:12-25 (in Russian).
11. Kalashnikova K.A., Alexandrova A.V., Soil inhabited microscopic fungi of the national park Bi Dup - Nui Ba (South Vietnam), Mikologiya i fitopatologiya, 2014, 48:355-364 (in Russian).
12. Kalashnikova К.А., Alexandrova А.V., Soil inhabiting microscopic fungi of the piedmont tropical forest (Loc Bac Forest Enterprise, South Vietnam), Mikologiya i fitopatologiya, 2015, 49:91-101 (in Russian).
13. Methods of soil microbiology and biochemistry (Ed. Zvyagintsev D.G.), Moskva: Izdatelstvo MGU, 1991, 304 p. (in Russian).
14. Fungal Biodiversity, CBS Laboratory Manual Series 1 (Crous P.W. et al., eds), Utrecht, Netherlands: CBS, 2009, 270 p.
15. Domsch K.H., Gams W. and Anderson T.H., Compendium of soil fungi, Second edition, IHW Verlag Ehing, 2007, 672 p.
16. Gardes M. and Bruns T.D., ITS primers with enhanced specificity for Basidiomycetes - application to the identification of mycorrhizae and rusts, Molecular Ecology, 1993, 2(2):113-118.
17. White T.J., Bruns T., Lee S. and Taylor J., Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics, in PCR Protocols: a guide to methods and applications (Innis M. A, Gelfand D. H, Sninsky J.J, White T.J, eds.), New York, USA: Academic Press, 1990, p.315-322.
18. Thompson J.D., Higgins D.G. and Gibson T.J., CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position specific gap penalties and weight matrix choice, Nucleic Acids Res, 1994, 22:4673-4680.
19. Maharachchikumbura S.N., Guo L.D., Cai L., Chukeatirote E., Wu W., Sun X., Crous P., Bhat D.J., McKenzie E.C., Bahkali A. and Hyde K., A multi-locus backbone tree for Pestalotiopsis, with a polyphasic characterization of 14 new species, Fungal Diversity, 2012, 56(1):95-129.
20. Xu J., Ebada S.S. and Proksch P., Pestalotiopsis a highly creative genus: chemistry and bioactivity of secondary metabolites, Fungal Divers, 2010, 44(1):15-31.
21. Srinivasachary, Willocquet L. and Savary S., Resistance to rice sheath blight (Rhizoctonia solani Kühn) [(teleomorph: Thanatephorus cucumeris (A.B. Frank) Donk.] disease: current status and perspectives, Euphytica, 2011, 178(1):1-22.
22. Visagie C.M., Houbraken J., Frisvad J.C., Hong S.B., Klaassen C.H.W., Perrone G., Seifert K.A., Varga J., Yaguchi T. and Samson R.A., Identification and nomenclature of the genus Penicillium, Studies in Mycology, 2014, 78:343-371.
23. Druzhinina I.S., Seidl-Seiboth V., Herrera-Estrella A., Horwitz B.A., Kenerley C.M., Monte E. and Kubicek C.P., Trichoderma: the genomics of opportunistic success, Nature Reviews Microbiology, 2011, 9(10):749-759.