XÁC ĐỊNH TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE VÙNG GEN LỤC LẠP (trnL - trnF) VÀ KHẢ NĂNG SỬ DỤNG ĐỂ NHẬN DIỆN LOÀI GIỔI ĂN HẠT (Michelia tonkinensis A.Chev.)
Tác giả liên hệ:
Vũ Đình Duy
Viện Sinh thái nhiệt đới, Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga
Số 63 Nguyễn Văn Huyên, Nghĩa Đô, Cầu Giấy, Hà Nội
Email: duyvu@vnmn.vast.vn
Viện Sinh thái nhiệt đới, Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga
Số 63 Nguyễn Văn Huyên, Nghĩa Đô, Cầu Giấy, Hà Nội
Email: duyvu@vnmn.vast.vn
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Trong nghiên cứu này chúng tôi giải trình tự nucleotide vùng gen (trnL - trnF) của loài Giổi ăn hạt nhằm xem xét khả năng sử dụng trong định danh loài và xây dựng mối quan hệ di truyền giữa các loài trong chi Michelia.
Từ khóa
Giải trình tự gen, Giổi ăn hạt, Thực vật, Định danh loài, Mối quan hệ di truyền, chi Michelia, Trình tự Nucleotide
Chi tiết bài viết
Tài liệu tham khảo
1. Vũ Quang Nam, Đào Ngọc Chương, Một số loài Giổi ăn hạt (Michelia sp.) ở Việt Nam, Hội nghị quốc gia về Sinh thái và Tài nguyên sinh vật lần thứ 7, 2017, 283-288.
2. Do Tat Loi, Medicinal plants and medicine of Vietnam, Medical Publisher, 2006, Hanoi.
3. Vu Q. N, Xia N. H., Notes on the type of Michelia tonkinensis (Magnoliaceae) from Vietnam, J. Trop. Subtrop. Bot., 2011, 19(6):549-553.
4. Hebert P. D. N., Penton E. H., Burns J. M., Janzen D. H., Hallwachs W., Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator, PNAS, 2004, 101:14812-14817.
5. Liu J, Provan J, Gao L. M, Li D. Z, Sampling strategy and potential utility of indels for DNA barcoding of closely related plant species: A case study in Taxus, Int. J. Mol. Sci., 2012, 13:8740-8751.
6. Liu Z, Zeng X, Yang D, Ren G, Chu G, Yuan Z, Luo K, Xiao P, Chen S., Identification of medicinal vines by ITS2 using complementary discrimination methods, J. Ethnopharmacol., 2012, 141:242-249.
7. Chen S. et al., Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species, PLoS One, 2010, 5:e8613.
8. Gao T., Yao H., Song J., Liu C., Zhu Y., Ma X., Pang X., Xu H., Chen S., Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2, J. Ethnopharmacol., 2010, 130:116-121.
9. Hollingsworth P. M. et al., A DNA barcode for land plants, PNAS, 2009, 106(31):12794-12797.
10. Li D. Z. et al., Comparative analysis of a large dataset indicates that the internal transcribed spacer (ITS) shoud be incorporated into the core barcode for seed plants, PNAS, 2011, 108:19641-19646.
11. Huan H. V., Trang H. M., Toan N. V., Identification of DNA barcode sequence and genetic relationship among some species of Magnolia Family, Asian J. Plant Sci., 2018, 17:56-64.
12. Wang G., Hou N., Zhang S., Luo Y., Characterization of the complete chloroplast genomes of seven Manglietia and one Michelia species (Magnoliales: Magnoliaceae), Conservation Genet. Resour., 2017, 10:705-708.
13. Deng Y., Luo Y., He Y., Qin X., Li C., Deng X., Complete chloroplast genome of Michelia Shiluensis and a comparative analysis with four Magnoliaceae species, Forests, 2020, 11(3):267.
14. Taberlet P., Gielly L., Pautou G., Bouvet J., Universal primers for amplification of three non-coding regions of chlorolast DNA, Plant Mol. Biol., 1991, 17:1105-1109.
15. Hall T. A., BioEdit v7.0.5.2: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT, Nucleic Acids Symp. Ser., 1999, 41:95-98.
16. Jobb G., TREEFINDER version March 2011. http://www.treefinder.de.
17. Tanabe A. S., Kakusan 4 and Aminosan: two programs for comparing
nonpartitioned, proportional and separate models for combined molecular
phylogenetic analyses of multilocus sequence data, Mol. Ecol. Resour., 2011, 11:914-921.
18. Kumar S., Stecher G., Tamura K., MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets, Mol. Biol. Evol., 2016, 33(7):1870-1874.
19. Yu H. et al., Expedient identification of Magnoliaceae species by DNA barcoding, Plant Omics, 2014, 7:47.
20. Huỳnh Thị Thu Huệ, Nguyễn Thị Thanh Hoa, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Đăng Tôn, Phân tích vùng gen trnL - trnL trên cây Cà gai leo (Solanum procumbens Lour.) của Việt Nam, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 2021, 19(2):309-319.
2. Do Tat Loi, Medicinal plants and medicine of Vietnam, Medical Publisher, 2006, Hanoi.
3. Vu Q. N, Xia N. H., Notes on the type of Michelia tonkinensis (Magnoliaceae) from Vietnam, J. Trop. Subtrop. Bot., 2011, 19(6):549-553.
4. Hebert P. D. N., Penton E. H., Burns J. M., Janzen D. H., Hallwachs W., Ten species in one: DNA barcoding reveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astraptes fulgerator, PNAS, 2004, 101:14812-14817.
5. Liu J, Provan J, Gao L. M, Li D. Z, Sampling strategy and potential utility of indels for DNA barcoding of closely related plant species: A case study in Taxus, Int. J. Mol. Sci., 2012, 13:8740-8751.
6. Liu Z, Zeng X, Yang D, Ren G, Chu G, Yuan Z, Luo K, Xiao P, Chen S., Identification of medicinal vines by ITS2 using complementary discrimination methods, J. Ethnopharmacol., 2012, 141:242-249.
7. Chen S. et al., Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species, PLoS One, 2010, 5:e8613.
8. Gao T., Yao H., Song J., Liu C., Zhu Y., Ma X., Pang X., Xu H., Chen S., Identification of medicinal plants in the family Fabaceae using a potential DNA barcode ITS2, J. Ethnopharmacol., 2010, 130:116-121.
9. Hollingsworth P. M. et al., A DNA barcode for land plants, PNAS, 2009, 106(31):12794-12797.
10. Li D. Z. et al., Comparative analysis of a large dataset indicates that the internal transcribed spacer (ITS) shoud be incorporated into the core barcode for seed plants, PNAS, 2011, 108:19641-19646.
11. Huan H. V., Trang H. M., Toan N. V., Identification of DNA barcode sequence and genetic relationship among some species of Magnolia Family, Asian J. Plant Sci., 2018, 17:56-64.
12. Wang G., Hou N., Zhang S., Luo Y., Characterization of the complete chloroplast genomes of seven Manglietia and one Michelia species (Magnoliales: Magnoliaceae), Conservation Genet. Resour., 2017, 10:705-708.
13. Deng Y., Luo Y., He Y., Qin X., Li C., Deng X., Complete chloroplast genome of Michelia Shiluensis and a comparative analysis with four Magnoliaceae species, Forests, 2020, 11(3):267.
14. Taberlet P., Gielly L., Pautou G., Bouvet J., Universal primers for amplification of three non-coding regions of chlorolast DNA, Plant Mol. Biol., 1991, 17:1105-1109.
15. Hall T. A., BioEdit v7.0.5.2: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT, Nucleic Acids Symp. Ser., 1999, 41:95-98.
16. Jobb G., TREEFINDER version March 2011. http://www.treefinder.de.
17. Tanabe A. S., Kakusan 4 and Aminosan: two programs for comparing
nonpartitioned, proportional and separate models for combined molecular
phylogenetic analyses of multilocus sequence data, Mol. Ecol. Resour., 2011, 11:914-921.
18. Kumar S., Stecher G., Tamura K., MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets, Mol. Biol. Evol., 2016, 33(7):1870-1874.
19. Yu H. et al., Expedient identification of Magnoliaceae species by DNA barcoding, Plant Omics, 2014, 7:47.
20. Huỳnh Thị Thu Huệ, Nguyễn Thị Thanh Hoa, Lê Thị Thu Hiền, Nguyễn Đăng Tôn, Phân tích vùng gen trnL - trnL trên cây Cà gai leo (Solanum procumbens Lour.) của Việt Nam, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 2021, 19(2):309-319.