XÁC ĐỊNH MỘT SỐ LOÀI ĐỘNG VẬT THÂN MỀM VÙNG BIỂN QUẦN ĐẢO TRƯỜNG SA, VIỆT NAM DỰA TRÊN TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE GEN TY THỂ 16S rDNA
Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga
Chi nhánh Phía Nam, Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga Số 3, đường 3/2, Phường 11, Quận 10, Tp. Hồ Chí Minh
Số điện thoại: 0983110799; Email: dinhcnd@gmail.com
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
IDENTIFICATION OF SOME MOLLUSCS IN THE TRUONG SA ISLANDS, VIETNAM BASED 16S rDNA GENE NUCLEOTIDE SEQUENCES
DNA barcoding is one of the widely useful tools to identify the nomenclature of creatures. The target of this study is to identify 5 gastropods and 3 bivalves distributed in the Truong Sa Islands (Spratly Islands) of Vietnam using the 16S rDNA gene of mtDNA. The 16S gene fragment was isolated from the molluscs genome mtDNA by PCR technique. The PCR product was purified and sequenced. The 16S rDNA gene fragment was approximately 600 bp in length. The nucleotides of the 16S rDNA gene fragment were compared with those published on Genbank using the BLAST tool. The results showed that four gastropods named Cypraea tigris Linnaeus, 1758; Mauritia arabica Linnaeus, 1758; Oxymeris maculata Linnaeus, 1758; Drupa morum Röding, 1798; Haliotis ovina Gmelin, 1791 and three bivalves titled Tridacna squamosa Lamarck, 1819; Pinna atropurpurea G.B. Sowerby I, 1825; and Chama congregata Conrad, 1833 were identified. In which, T. squamosa and H. ovinawere classified as Vulnerable in Vietnam’s Red Data Book (2007). C. congregata is mainly distributed in South America, but in the study was first recorded in Vietnam’s sea. Using the 16S rDNA gene to determine molluscs in the Truong Sa Islands (Spratly Islands) of Vietnam contribited to accurately identifying creatures and provided basic data for further research in ecology, evolution and conservation of creatures.
Từ khóa
Mollusca, mitochondrial genome, 16S rDNA gene, phylogenetic tree, Truong Sa Islands (Spratly Islands), động vật thân mềm, hệ gen ty thể, gen 16S rDNA, cây phả hệ, quần đảo Trường Sa
Chi tiết bài viết
Tài liệu tham khảo
2. Marshall E., Will DNA barcodes breathe life into classification?, Science, 2005, 307:1037.
3. DeSalle R., Goldstein P., Review and interpretation of trends in DNA barcoding, Frontiers in ecology and evolution, 2019, 7:302.
4. Gostel M. R., Kress W. J., The expanding role of DNA barcodes: indispensable tools for ecology, evolution, and conservation, Diversity, 2022, 14:213.
5. Hylleberg J., Kilbum R. N., Marine molluscs of Vietnam. Annotations, Voucher, Material, and Species in Need of Verification, Phuket Marine Biological Centre Special Publication, 2003, 28:5-300.
6. Lăng Văn Kẻng, Sơ bộ nghiên cứu về thành phần loài và phân bố của thân mềm chân bụng (Gastropoda - Mollusca) của quần đảo Trường Sa, Tuyển tập nghiên cứu Biển, 1996, 7:94-102.
7. Đỗ Công Thung, Lê Thị Thúy, Lê Quang Dũng, Trần Mạnh Hà, Hiện trạng và nguồn lợi sinh vật đáy vùng biển quần đảo Trường Sa, Báo cáo chuyên đề thuộc đề tài Đánh giá nguồn lợi sinh vật biển và hiện trạng môi trường vùng biển quanh đảo Trường Sa, 2003, 52 tr.
8. Đỗ Công Thung, Chu Văn Thuộc, Nguyễn Đăng Ngải, Đàm Đức Tiến, Nguyễn Thị Thu, Nguyễn Thị Minh Huyền, Nguyễn Văn Quân, Cao Thị Thu Trang, Lê Thị Thúy, Bùi Văn Vượng, Đa dạng sinh học và tiềm năng bảo tồn vùng quần đảo Trường Sa, Nxb. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, 2014, 302 tr.
9. Abbott R. T., Dance S. P., Compendium of Seashells: A full-color guide to more than 4,200 of the world’s marine shells. Odyssey Publishing, 2000, 411 pp.
10. Capenter K. E., Niem V. H., The living marine resources of the Western Central Pacific. Vol 1. Seaweeds, corals, bivalves and gastropods. Food and Agriculture Organization of the United Nations, Rome, 1998, 686 pp.
11. Nguyen Ngoc Thach, Shells of Vietnam. Hackenheim: ConchBooks, 2005, 388 pp.
12. MolluscaBase eds. MolluscaBase, 2022. Accessed at https://www.molluscabase.org on 2022-07-29.
13. Sambrook J., Fritsch E. F., Maniatis T. Molecular cloning: A laboratory manual, 2nd ed. Cold Spring Harbor. Laboratory Press, NY, 1989.
14. http://blast.ncb.nilm.nih.gov/Blast.cgi
15. Nicholas K. R., Nicholas K. B., Nicholas K., Nicholas H. G., Nicholas H. B., Deerfield D. W., Nicholas H. B. J., Nicholas H. J., Nicholas A., Nicholas H., Gauch H., GeneDoc 2.7: a tool for editing and annotating multiple sequence alignment, 1997. (https://genedoc.software.informer.com/2.7/).
16. Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K., MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology and Evolution, 2018, 35(6):1547-1549.
17. Conrad T. A., On some new fossil and recent shells of the United States, American Journal of Science and Arts, 1833, 23(17):339-346.
18. Campbell M. R., Steiner G., Campbell L. D., Dreyer H., Recent chamidae (Bivalvia) from the western Atlantic Ocean, Malacologia, 2004, 46(2):381-415.
19. Santhanam R., Gobinath M., Ramesh S., Biology and ecology of Pharmaceutical marine mollusks. New York: CRC Press Taylor & Francis Group, 2019.
20. Bộ Khoa học Công nghệ, Sách Đỏ Việt Nam, Phần I. Động vật, Nxb. Khoa học Tự nhiên và Công nghệ, Hà Nội, 2007, 516 tr.